מינהל הסטודנטים פועל כאגף במשרד לקליטת העלייה בשיתוף תקציבי של הסוכנות היהודית.

המינהל כולל 4 מחלקות ארציות, יחידת הסברה ו-4 מחלקות מחוזיות.

•  המחלקה ללימודים אקדמיים
•  המחלקה לשילוב וקליטה חברתית
•  המחלקה לפעילויות סטודנטים
•  המחלקה לתכנון תקצוב ומעקב.
•  יחידת ההסברה

בנוסף קיימות  יחידות מחוזיות במחוז ירושלים והדרום, תל אביב והמרכז, באר שבע והנגב וחיפה והצפון.

מחלקות המינהל הארציות משמשות כמטה האגף והן מנהלות את הצד המקצועי של עבודת המינהל, ואילו המחלקות המחוזיות משמשות כיחידות הקצה והן אלו שנותנות את השרות לסטודנטים.