Во главе министерства стоит министр, которому принадлежит право определять политику министерства, выбирать предпочтительные направления деятельности и представлять в правительстве интересы своих "подопечных".
Исполнительная власть сосредоточена в руках генерального директора, который осуществляет "привязку" выработанной политики к реальной ситуации. Можно сказать, что министр определяет, что надо сделать, а генеральный директор - как сделать. В распоряжении директора находится центральный аппарат министерства и окружные отделения.
Департаменты центрального аппарата министерства можно разделить на две группы. Сотрудники одной поддерживают нормальное функционирование самого министерства, в другую входят специализированные отделы, каждый из которых курирует одно из направлений деятельности. Здесь разрабатываются программы интеграции репатриантов в разных областях, например, существуют отделы распределения жилья, трудоустройства, поддержки малых бизнесов, абсорбции ученых и т.д.
Обычно за консультацией и помощью олим обращаются в районные бюро ("лишахот") и местные отделения ("снифим"), которые подчиняются окружным отделениям ("мехозот"). Окружные отделения, административно связанные с главным отделением, обладают определенной степенью автономности, что в большинстве случаев позволяет сократить время принятия решений. Существует пять окружных отделений - Северное (расположенное в Хайфе), Центральное (в Кфар-Сабе), Южное (в Беер-Шеве), Тель-авивского и Иерусалимского округов. Кроме того, существует отдел, сотрудники которого занимаются приемом репатриантов в аэропорту им. Бен-Гуриона. Руководство окружного отделения координирует работу с репатриантами во всем регионе; начальник отделения периодически отчитывается перед генеральным директором о положении дел.
В районных отделениях ведущие принимают репатриантов своего города и тех городов, где отсутствуют местные отделения; здесь же размещаются "раказим" - ответственные за разные направления деятельности (жилье, соцобеспечение, трудоустройство, интеграция в обществе), которые обслуживают олим всего района.